Ilość SNP w drzewie R1a i R1b

Moderator: Lappa


Posts: 587
Joined: Thu Mar 15, 2012 11:59 am

YDNA:
Adam-L74; R1a-YP4700
MtDNA:
H14a
PostPosted: Sat Oct 18, 2014 7:27 am
Na eksperymentalnym drzewie YFull pojawiły się nowe liczby SNP zwłaszcza u góry drzewa R1a
http://www.yfull.com/tree/R/

Te liczby bardzo się różnią od dotychczasowych.
Jeżeli pod R-Z282*, wliczając jednak R-Z280*=3, mamy teraz średnio 37 SNP, co obliczam przy pomocy ładnego i pożytecznego drzewa M. Milewskiego, za co mu ogromne niech będą dzięki! (w YFull oblicza się trudniej, bo - o ile dobrze rozumiem - nie podaje liczby prywatnych SNP; wynik jest więc nieco niższy);
to razem pod R-M207* (MA-1 = 24.000 lat) mamy aż 322 SNP
Po podzieleniu 24.000 lat : na 322 SNP otrzymujemy na 1 SNP = 75 lat (dokładniej 74,53).

Jeżeli YFull z obiektywnych racji nie dokona podobnych zmian w drzewie R1b,
to okaże sie, że ród R1a-M417 jest w Europie dużo, dużo młodszy i późniejszy niż R1b-L23, L51 lub L11 (ojciec dla U106 i P312).
Zmieni się wtedy i nasz pogląd na początek dzisiejszej Europy.
Co o tym sądzicie?

Posts: 59
Joined: Mon Jul 22, 2013 5:56 pm
PostPosted: Sat Oct 18, 2014 12:41 pm
Z racji tej że wywołano tu do tablicy R1b pozwalam sobie zabrać głos. Czytając tu i ówdzie o obliczeniach wspólnego przodka zaważyłem spore rozbieżności. Jeżeli Pan X i Y należą do cts9219 i dzieli ich 49 SNP to mieli oni wspólnego przodka.
49x75 =3673 lat temu brzmi bardzo rozsądnie;
49x100=4900 lat temu jeszcze do przełknięcia;
49x120=5880 lat temu bardzo mało wiarygodne;
Proszę o komentarz i wyrozumiałość.
User avatar
Posts: 116
Joined: Sun Aug 11, 2013 4:56 pm
Location: Poland
YDNA:
R1a-Z280+ Y2902+
MtDNA:
U4a1b1
PostPosted: Sat Oct 18, 2014 3:06 pm
Atim wrote:Na eksperymentalnym drzewie YFull pojawiły się nowe liczby SNP zwłaszcza u góry drzewa R1a
http://www.yfull.com/tree/R/

Te liczby bardzo się różnią od dotychczasowych.
Jeżeli pod R-Z282*, wliczając jednak R-Z280*=3, mamy teraz średnio 37 SNP, co obliczam przy pomocy ładnego i pożytecznego drzewa M. Milewskiego, za co mu ogromne niech będą dzięki! (w YFull oblicza się trudniej, bo - o ile dobrze rozumiem - nie podaje liczby prywatnych SNP; wynik jest więc nieco niższy);
to razem pod R-M207* (MA-1 = 24.000 lat) mamy aż 322 SNP
Po podzieleniu 24.000 lat : na 322 SNP otrzymujemy na 1 SNP = 75 lat (dokładniej 74,53).

Jeżeli YFull z obiektywnych racji nie dokona podobnych zmian w drzewie R1b,
to okaże sie, że ród R1a-M417 jest w Europie dużo, dużo młodszy i późniejszy niż R1b-L23, L51 lub L11 (ojciec dla U106 i P312).
Zmieni się wtedy i nasz pogląd na początek dzisiejszej Europy.
Co o tym sądzicie?

Raczej średnio widzę, żeby L11 był znacznie starszy od M417. Na mój gust brakowałoby mu wtedy sensownego umiejscowienia archeologicznego, ale mogę się mylić.

Posts: 587
Joined: Thu Mar 15, 2012 11:59 am

YDNA:
Adam-L74; R1a-YP4700
MtDNA:
H14a
PostPosted: Sat Oct 18, 2014 7:53 pm
Artmar wrote: Raczej średnio widzę, żeby L11 był znacznie starszy od M417. Na mój gust brakowałoby mu wtedy sensownego umiejscowienia archeologicznego, ale mogę się mylić.

Podobnie myślę.
Prawdopodobnied YFull dokona i w gałęzi R1b nowego rachunku SNP i wtedy będzie OK!
Ale są jeszcze dwa inne problemy.
1. Cały ród M417 teraz jest bardzo młody: jest z około 2,547 przed Chr.
Z280 natomiast ma czas tylko 758 przed Chr.!
To wszystko jest nie do przyjęcia! Chyba że naprawią to tzw. prywatne, jeśli jest ich dużo. Nie wiem, czy BigY podaje cały ich zestaw. Bo YFull na pewno nie.

2. Druga kwestia to czas Y-Adama.
Jeśli poniżej R* na 1 SNP przypada 75 lat (cudownie!), to wtedy powyżej R do Y-Adama (tego kameruńskiego) jest tylko 87 tysięcy lat. Razem - tylko 110 tysięcy.
Widocznie i powyżej R dojdzie do nowego rozliczenia SNP; widocznie nie wszystkie jeszcze policzono.
Zresztą w niekórych haplogrupach, np. BT, ISOGG podaje daleko ponad tysiąc SNP, daleko więcej niż YFull!
Same emocjonalne fakty.

Może to te Tabele czasu haplogrup pobudziły YFull i BigY do rachuby SNP na wszystkich piętrach drzewa genealogicznego. Dotąd nie wiedzieli, że klienci mają prawo dowiedzieć się od swoich firm, ile w ogóle, jakie i gdzie mają te wykryte i opłacone SNP.
Kiedyś o to bardzo się awanturował z FTDNA Ted Kandell z okazji testowania A00, A0 i A0-T za pieniądze obcego klienta/klientów. Twierdził, chyba slusznie, że firma powinna sama dokonać ustalenia całego drzewa na użytek testowanych klintów. Sprawa była w jakims sądzie etycznym w USA, a także w Kamerunie.
To spowodowało nawet czasowe zablokowanie kolejnych testów zebranych w Kamerunie próbek.

Posts: 587
Joined: Thu Mar 15, 2012 11:59 am

YDNA:
Adam-L74; R1a-YP4700
MtDNA:
H14a
PostPosted: Mon Oct 27, 2014 6:45 am
Mamy nowe dane ilości SNP oraz czasu głównych haplogrup w drzewie R1-M173 od FTDNA i M. Milewskiego, prawdopodobnie bardziej wiarygodne niz w zaktualizowanym drzewie YFull.
viewtopic.php?f=77&t=1457&p=22409#p22409
Image
download/file.php?id=933&mode=view
Michał wrote:The R1a FTDNA project has received the Big Y results for two early separated R1a lineages, including R1a-M459* (kit N86494) and R1a-M198* (kit 294660). I have extracted all reliable novel variants (private SNPs) under M459 and under M198, respectively, from the corresponding FTDNA reports. Also, Semargl has analysed all known SNPs for these two kits, so I could then use all this data to calculate some preliminary TMRCAs for R1-M173, M1a-M459, R1a-M198 and R1a-M417. For the levels downstream of M417, I haven't used the Big Y data for Z93 and Y2395/Z284, as such summarized reports are not ready yet.
BigY-based TMRCAs for R1a 03.jpg

Here are some important comments to the above chart:
1) I have applied my previously estimated rate of 150 years per each Big Y tested SNP (see http://www.anthrogenica.com/showthread. ... ing/page11 for justification). Additionally, since Iain McDonald from the R1b-U106 FTDNA project has recently announced that he adopted a new rate of 137.65 years/SNP (95% confidence interval 121.11-157.65 years/SNP) based on a combination of Big Y results and the literature, I have also provided the age estimates (in the parentheses) that were based on this modified mutation rate.
2) These are only some preliminary estimates, as I expect that once these new Big Y results are analysed at YFull, I will be able to refine my calculations. All this will likely result in adding some new SNPs (both private and non-private ones), so one may consider the current estimates as underestimates.
3) The number of private SNPs in kit 294660 (M198*) is lower than expected based on the results for M459* and for different subclades of M417. Importantly, this affected the age of all upstream clades, and we may suspect that some of the above TMRCAs are significantly underestimated. If disregarding that low number of private SNPs found in kit 294660, we would get some substantially older ages for R1a-M198 (10.2 (9.4)), for R1a-M459 (14.6 (13.4)), and for R1-M173 (27.2 (25.0)). Hopefully, all this will be further refined once we get some Big Y results for M420*.
4) The average number of the FGC-tested SNPs downstream of R1-M173 for different subclades of R1a-M645 is about 300, so all this confirms our previous estimates that Big Y covers about 60% of SNPs tested by FGC.
I would like to thank Lappa and Tenth for providing the summarized Big Y data for PF6155/M458 and CTS4385/L664, respectively, and Semargl for analysing the known SNPs from the upper levels.
Mam jednak problem.
Drzewo pokazuje, że podział (split) haplogrupy R1-M173 sięga 24.000 lat.
Tymczasem wiemy, że 24.000 lat to czas podziału (split) haplogrupy R-M207*, czyli - inaczej - czas wydzielenia się haplogrup R1-M173 i R2-M479.
Jak rozwiązać ten problem?

Posts: 748
Joined: Thu Mar 15, 2012 10:08 am
Location: Warsaw, Poland
YDNA:
R1a-L1280
MtDNA:
H2a2
PostPosted: Mon Oct 27, 2014 1:16 pm
Atim wrote:Drzewo pokazuje, że podział (split) haplogrupy R1-M173 sięga 24.000 lat.
Tymczasem wiemy, że 24.000 lat to czas podziału (split) haplogrupy R-M207*, czyli - inaczej - czas wydzielenia się haplogrup R1-M173 i R2-M479.

Skąd wiemy, że rozdział linii R1 i R2 nastąpił dopiero 24.000 lat temu (czyli, że haplogrupa R jest tak młoda)?
Na pewno nie wynika to z danych uzyskanych dzięki badaniu archeologicznych szczątków z Mal'ty, Anzick i Ust'-Ishim. Wszystkie te wyniki zgadzają się niemal doskonale z przyjętym przeze mnie tempem mutacji dla Y-DNA i sugerują, że R1 ma około 26 (24-28) tys. lat, a haplogrupa R ma około 32 (30-34) tys. lat.

Posts: 587
Joined: Thu Mar 15, 2012 11:59 am

YDNA:
Adam-L74; R1a-YP4700
MtDNA:
H14a
PostPosted: Mon Oct 27, 2014 3:42 pm
Michał wrote:
Atim wrote:Drzewo pokazuje, że podział (split) haplogrupy R1-M173 sięga 24.000 lat.
Tymczasem wiemy, że 24.000 lat to czas podziału (split) haplogrupy R-M207*, czyli - inaczej - czas wydzielenia się haplogrup R1-M173 i R2-M479.

Skąd wiemy, że rozdział linii R1 i R2 nastąpił dopiero 24.000 lat temu (czyli, że haplogrupa R jest tak młoda)?
Na pewno nie wynika to z danych uzyskanych dzięki badaniu archeologicznych szczątków z Mal'ty, Anzick i Ust'-Ishim. Wszystkie te wyniki zgadzają się niemal doskonale z przyjętym przeze mnie tempem mutacji dla Y-DNA i sugerują, że R1 ma około 26 (24-28) tys. lat, a haplogrupa R ma około 32 (30-34) tys. lat.

Dziękuje za wyjaśnienie.
Chodziło mi własnie o MA-1. Długo ociągałem sie z uznanien datowania autorów tej pracy odnośnie R* na 24000 lat - ze względu na to, że nie mogłem sie doliczyć odpowiedniej ilości SNP ponizej, w R1 (a i b) oraz R2. Po dokładniejszym przestudiowaniu to datowanie wydało się mi jednak wiarygodne. Jeżeli bowiem tam w pełnym testowaniu genomu znaleziono pełny komplet mutacji R*, a nie znaleziono kolejnych SNP poniżej R*, uzyskano też 14C cal. Obliczając TMRCA posłużono się wynikami pelnego testowania w R1 i R2 i standardowe stawki mutacji.
Więc wydało sie mi, że wykorzystano wszystko co się dało, aby dokładnie datować split R*.
Nie zauwazyłem tylko żadnego słowa w sprawie małej podgrupy R-Y482, potwierdzonej przez YFull. http://www.yfull.com/tree/R/ . To tylko cztery SNP, które jednak troche odmładzają R1 i R2.
Stąd mój problem.
Nie wiem, kiedy otrzymamy pełne drzewo FTDNA, obiecane nam na jesień tego roku i czy w końcu będzie ono bardziej wiarygodne niz eksperymentalne YFull.

Posts: 748
Joined: Thu Mar 15, 2012 10:08 am
Location: Warsaw, Poland
YDNA:
R1a-L1280
MtDNA:
H2a2
PostPosted: Mon Oct 27, 2014 5:25 pm
Atim wrote:Chodziło mi własnie o MA-1. Długo ociągałem sie z uznanien datowania autorów tej pracy odnośnie R* na 24000 lat - ze względu na to, że nie mogłem sie doliczyć odpowiedniej ilości SNP ponizej, w R1 (a i b) oraz R2.

Trochę to wszystko dziwne, bo już ten temat kiedyś omawialiśmy, i wydawało mi się, że moje schematyczne drzewko (uwzględniające pozycję MA-1) przedstawiało całą tę sprawę bardzo klarownie:
viewtopic.php?f=77&t=1464&start=100

Odnoszę wrażenie, że bardzo często w ogóle nie czytasz odpowiedzi udzielonych na Twoje pytania... (co oczywiście zniechęca do podejmowania kolejnych prób wyjaśniania tematu).

Mimo wszystko spróbuje jeszcze zwrócić uwagę na dość oczywistą rzecz, że datowanie MA-1 (jako przedstawiciela R*, choć w tym przypadku nie jest to klasyfikacja zbyt precyzyjna) na 24.000 lat temu wcale nie oznacza, że właśnie tyle lat ma haplogrupa R (albo że tyle czasu upłynęło od rozdzielenia się linii R1 i R2). Gdyby na przykład któryś ze współcześnie żyjących mężczyzn okazał się być przypadkiem R* (co jest jak najbardziej możliwe), to też nie oznaczałoby to wcale, że haplogrupa R ma zaledwie kilkadziesiąt lat (w zależności od wieku tego osobnika).

Atim wrote:Jeżeli bowiem tam w pełnym testowaniu genomu znaleziono pełny komplet mutacji R*, a nie znaleziono kolejnych SNP poniżej R*

Po pierwsze nie było możliwości znalezienia "pełnego kompletu mutacji R*", bo nie analizowanego całego chromosomu Y (co jest zresztą technicznie niemożliwe, przynajmniej na razie). Stwierdzono jedynie, że na ograniczoną (z oczywistych względów) liczbę 24 mutacji z poziomu R (czyli z poziomu mutacji filogenetycznie równoważnych mutacji M207, których w sumie jest znacznie więcej, ale nie wszystkie mogły być objęte badaniem) MA-1 posiada tylko 19, a brakuje mu pięciu pozostałych, co oznacza, że jego linia oddzieliła się od linii naszych przodków zanim tych 5 mutacji się pojawiło. Zamiast owych pięciu mutacji, linia prowadząca do MA-1 zdążyła za to nagromadzić 35 dodatkowych mutacji, a więc znacznie więcej niż 23 mutacje (5+18), które oddzielają wspólnego przodka MA-1 i R1/R2 od momentu rozdzielenia się linii R1 i R2 (oczywiście cały czas liczymy tylko te mutacje, które występują w analizowanym regionie chromosomu Y). Na podstawie tych rachunków możemy z bardzo dużym prawdopodobieństwem założyć, że rozdzielenie się liniii R1 i R2 nastąpiło kilka tysięcy lat przed śmiercią MA-1 (która to śmierć datowana jest na 24.000 lat temu), a z analizy wyników kilku różnych niezależnych badań wynika, że miało to najprawdopodobniej miejsce między 24.000 i 28.000 lat temu (albo ok. 26.000 lat temu).


Atim wrote:Nie zauwazyłem tylko żadnego słowa w sprawie małej podgrupy R-Y482, potwierdzonej przez YFull. http://www.yfull.com/tree/R/ . To tylko cztery SNP, które jednak troche odmładzają R1 i R2.
Stąd mój problem.

Te cztery mutacje wcale nie odmładzają R1 i R2 (jeśli symbolami R1 i R2 oznaczamy te same linie co dotychczas), bo są to po prostu cztery z tych pięciu mutacji "uprzedniego" poziomu R, o których dowiedzieliśmy się właśnie (dzięki MA-1), że znajdują się one poniżej niektórych pozostałych mutacji z "uprzedniego" poziomu R. Nie wiem dokładnie, dlaczego jedna z tych pięciu mutacji nie została uwzględniona przez YFull (być może uznali ją za lekko niewiarygodną z jakichś względów). W każdym razie należy pamiętać, że poza 24 mutacjami z poziomu R, kóre były badane u MA-1, istnieje jeszcze spora liczba mutacji z tego samego poziomu, które nie będą mogły być w najbliższym czasie (a może nawet nigdy) przypisane ani do wyższego/starszego podpoziomu M207, ani do niższego/młodszego podpoziomu Y482.

Zwrócę może jeszcze uwagę na fakt, że YFull był w stanie zidentyfikować aż 22 mutacje powyżej poziomu Y482 (zapewne dzięki dostępowi do "surowych danych" MA-1) i uznali własną interpretację tych wyników za bardziej kompletną (bo obejmującą trzy dodatkowe mutacje nieuwzględnione przez autorów pracy). Nie znaczy to jednak wcale, że wyniki YFull są bardziej użyteczne do obliczeń wieku niż wyniki autorów pracy o MA-1, bo w tego typu obliczeniach kluczowe jest stosowanie tych samych kryteriów "wiarygodności" dla mutacji już znanych i tych wcześniej nieznanych (prywatnych), podczas gdy YFull może sobie spokojnie pozwolić na obniżenie tych kryteriów w przypadku mutacji o określonej wcześnie (przynajmniej w przybliżeniu) pozycji filogenetycznej. Trzeba też wyraźnie zaznaczyć, że YFull nie dba w ogóle o to, czy ich lista mutacji jest reprezentatywna "liczbowo" jesli chodzi o poszczególne poziomy filogenetyczne, więc wykorzystywanie ich drzewa do jakichkolwiek obliczeń TMRCA nie ma najmniejszego sensu (poza kilkoma bardzo specyficznymi wyjątkami).

Atim wrote:Nie wiem, kiedy otrzymamy pełne drzewo FTDNA, obiecane nam na jesień tego roku i czy w końcu będzie ono bardziej wiarygodne niz eksperymentalne YFull.

"Pełnego" drzewa nie otrzymamy pewnie nigdy (a przynajmniej nieprędko), bo niektórych obszarów chromosomu Y nie da się na razie analizować. Nie jest to zresztą wcale potrzebne, zwłaszcza jeśli uzmysłowimy sobie, że do w miarę wiarygodnych obliczeń znacznie przydatniejsze są wyniki uzyskane dla ściśle zdefiniowanego (nawet stosunkowo niewielkiego) regionu chromosomu Y, niż mieszanie ze sobą wyników uzyskanych dla znacznie większych (ale nieporównywalnych ze sobą) fragmentów chromosomu (o czym wydajesz się niestety nie pamiętać, przedstawiając swoje "obliczenia").

Posts: 587
Joined: Thu Mar 15, 2012 11:59 am

YDNA:
Adam-L74; R1a-YP4700
MtDNA:
H14a
PostPosted: Tue Nov 11, 2014 7:21 pm
Michał wrote:
Atim wrote:Chodziło mi własnie o MA-1. Długo ociągałem sie z uznanien datowania autorów tej pracy odnośnie R* na 24000 lat - ze względu na to, że nie mogłem sie doliczyć odpowiedniej ilości SNP ponizej, w R1 (a i b) oraz R2.
Trochę to wszystko dziwne, bo już ten temat kiedyś omawialiśmy, i wydawało mi się, że moje schematyczne drzewko (uwzględniające pozycję MA-1) przedstawiało całą tę sprawę bardzo klarownie:
viewtopic.php?f=77&t=1464&start=100.

Faktycznie nie zwróciłem uwagę na te 35 ZNP "prywatnych" MA-1. Właśnie dlatego, że je na forach nazywali "prywatne', jakoś je zlekceważyłem i nie wprowadziłem w obliczenia czasu R*.
....................
Moim zainteresowaniem jest całe drzewo AMH. Więc szukam najbardziej pelnych danych i nie mogę się ich doczekać.
Natomiast do tych stop czasu mutacji SNP też nie bardzo mam zafanie. Jest wiele propozycji i niepewne punkty odniesienia. Zresztą widzimy teraz różnicę prędkości mutacji w R1a i R1b - tak na drzewie Yfull, jak i na drzewie Raghavana (tu 176 i 127, myślę, że nie tylko za sprawą tylko dwóch ht w R1a).
W sumie, uśredniając pod R1 otrzymujemy 141 SNP u Raghavana, a pod R* 180 SNP i średnią częstość jednej mutacji : 166 lat.
Dlatego R* liczy około 29.900, a R1 około 23.400 lat

Natomiast Y-Adam, biorąc pod uwagę najbardziej pełne drzewo: Yfull i częstośc mutacji 166 lat, żyłby 227.000 lat temu.
Na drzewo FTDNA nie liczę, bo ta firma nie jest tym zainteresowana, choć ma nasze Y-DNA i dysponuje naszymi SNP. Moglibyśmy od nich tego żądać.
Ktoś tam z Kamerunu spośród Bangwa i Nkongho zaczyna się testować w FGC. To moze wreszcie bedziemy mieli bardziej adekwatne drzewo i lepszą podstawę datowania Y-Adama (a o to ludzie bardzo pytają!).
F. Medez nadal dyskutuje broni swojego tempa mutacji i datowania na 338.000 lat, mając w gruncie rzeczy tylko jedną stronę (A0-T) drzewa.
http://www.u.arizona.edu/~flmendez/
Zobaczymy.

Posts: 587
Joined: Thu Mar 15, 2012 11:59 am

YDNA:
Adam-L74; R1a-YP4700
MtDNA:
H14a
PostPosted: Wed Nov 12, 2014 7:05 am
No, jakby w odpowiedzi na sygnalizowane wyżej potrzeby
Yfull udostępnia każdemu wszystkie jego SNP przypisane do poszczególnych poziomów drzewa filogenetycznego aż od Y-Adama.
Jako przykład: http://www.yfull.com/yreport/
Aby wyświetlic te wyniki, trzeba po zalogowaniu się na stronę Yfull, w okienku skorzystać ze swojegio numeru otrzymanego w Y-full (jest on wypisany na drzewie poszczególnych gałęzi, np. http://www.yfull.com/tree/R1a/).
Dotyczy to jednak tylko tych, którzy testowali się w FGC albo przekazali BAM z FTDNA i od Yfull otrzymali numer identyfikacyjny swoich wyników.
.......................
U szczytu drzewa brak jest jednak SNP na poziomie najwyższxym, A0-T, gdyż nadal ich liczba jest niepełna z powodu niedostatecznego testowania Perry (A00). Kolejne testowania są dopiero oczekiwane (ktoś z plemienia Bangwa lub Nkongho już przekazuje swoje Y-DNA do FGC Y-Prime, ale on może by zarówno z A00, jak i A0, A1, B lub E, a może nawet J2.
Next

Return to Język Polski

Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 2 guests

cron